Uygulama yöntemlerini genel (sistemik) uygulamalar, lokal uygulamalar ve kombine uygulamalar diye üçe ayırabiliriz.
İntravenöz, intraarteriel, lenfotropik, rektal, sauna, MAH-EBOO ve SF (Serum Fizyolojik içinde) yöntemleri sistemik uygulama yöntemleri iken; dermal, intralezyonal, intrakaviter, intraoperatif, dental yöntemler lokal uygulamalardır.
Ozon tedavisinin diğer tedavi yöntemleri ile kombine kullanımı da vardır. Bu yöntemler, PRP-CGF, Prolozon, Kolon hidroterapi, Akupunktur, Hiberbarik oksijen tedavisi ve Fitoterapidir. Ozon tedavisinin tekil uygulamalarda bazı hastalıklarda başarılı olduğu alanların sınırlı olabileceği, tedavide başarılı olduğuna inandığımız ve çalışmalarla ispatlanmış tedavi yöntemlerinin kombine kullanılmasının her zaman daha faydalı olduğu klinik tecrübeleyle sabittir. Bu nedenle protokol kombin yöntemlerin beraber kullanıldığı kliniklerden faydalanmamız tedavi açısından daha uygun olacaktır.